井水凈化則比較復雜，不同地方的井水情況不一樣，比如黃土高坡的地下水普遍含氟過高，卡斯特地貌的地下水普遍含鈣過高（俗稱硝），還有一些地下水含鐵錳過高，各地情況差別很大，處理方式也大相徑庭。總之處理必須要有針對性，事前應該進行水質化驗，然后根據化驗結果進行針對性的凈化處理。目前這些處理方法都比較成熟。
除了上面去除水中超標礦物質外，通常還要對井水進行除濁凈化，這方面選用物理過濾的方式較好，初級過濾可選用砂缸過濾，中級過濾可以選用PP棉芯、陶瓷芯過濾，更深一級過濾可選用中空超濾過濾，精度可達0.01UM，細菌病毒都能過濾掉。
