一般來說，最大的微生物風險與飲用了被人類或動物（包括鳥類）糞便污染的水有關。 糞便可能是致病性細菌、病毒、原生動物和蠕蟲的來源。
在制訂飲用水在微生物方面的衛生安全 目標時，糞源病原體是主要關注的問題。水 中的微生物常常變化很快且變化范圍很大。 致病微生物濃度在短期內達到峰值可能大大 增加疾病感染的風險并可能引起水源性疾病的暴發。而且，當微生物污染被檢測到時，很多 人可能已經被感染于其中了。由于這些原因，我們不能僅依賴于末端檢測（即使是頻繁地進 行檢測）來確保飲用水在微生物方面的安全。
《飲用水水質準則》各章節在確保飲用水安全方面的相互關系
應重視建立水安全框架和實施全面的水安全計劃，以始終確保飲用水的安全，從而保護 公眾健康（見第４章）。如果不能有效保障飲用水的安全，就可能使社區面臨腸道疾病或其 他傳染性疾病暴發的風險。水源性疾病的暴發是特別要避免的，因為其可能會導致大量人 群同時受到感染，患病人數可在整個社區中占很高的比例。
除了糞源病原體，其他微生物風險，如幾內亞蟲，有毒藍藻和 軍團菌，在特定情況下，也可能危害公眾的健康。
雖然水可能是傳染性生物的一個非常重要的來源，一些水源性疾病也可通過其他途徑 傳播，包括人與人的接觸，食物的攝入、飛沫以及氣溶膠。在沒有暴發水傳播性疾病時，這些 途徑可能比水傳播途徑更重要。
除了糞源病原體，其他微生物風險，如幾內亞蟲，有毒藍藻和 軍團菌，在特定情況下，也可能危害公眾的健康。
雖然水可能是傳染性生物的一個非常重要的來源，一些水源性疾病也可通過其他途徑 傳播，包括人與人的接觸，食物的攝入、飛沫以及氣溶膠。在沒有暴發水傳播性疾病時，這些 途徑可能比水傳播途徑更重要。
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